據(jù)臺灣媒體報道，洪仲丘之死引發(fā)軍方禁閉處罰的爭議。據(jù)了解，馬辦人權(quán)咨詢委員會兩年前即發(fā)現(xiàn)禁閉法規(guī)有抵觸兩公約之虞，曾四次要求防務部門說明并改善，但皆未獲回應。
法務部門官員認為，洪仲丘禁閉案，欠缺應由部隊副主官主持人事評議會的法規(guī)程序，如果防務部門早日依人權(quán)委員會要求提出說明，并修訂合乎人權(quán)的關(guān)禁閉法律依據(jù)、程序和救濟管道，讓洪有權(quán)聲請?zhí)釋彽染葷�，或許可以避免枉死的遺憾。
防務部門昨天沒有正面回答“未回應人權(quán)委員會”一事，軍事發(fā)言人羅紹和表示，臺軍士官兵禁閉及悔過懲罰是依據(jù)“陸�？哲姂土P法”辦理，而基于人權(quán)及安全考量，目前正研擬精進禁閉、悔過管理做法，以符合兩公約對人權(quán)保障要求，維護官兵合法權(quán)益。
2009年臺灣簽署“公民與政治權(quán)利國際公約”、“經(jīng)濟社會文化權(quán)利國際公約”等兩公約成為臺灣法，馬辦并設(shè)人權(quán)咨詢委員會審查及推動臺灣相關(guān)法律的修訂，以符合兩公約標準。當時多名學者、律師發(fā)現(xiàn)，軍方關(guān)禁閉的程序恐違反兩公約。
人權(quán)咨詢委員會審查認為，關(guān)禁閉屬于拘束人身自由的刑事處罰，須有符合人權(quán)的法律程序和救濟管道為依據(jù)，因此在2011年6月4日、7月27日、12月17日和本月16日的審查會，要求防務部門說明決定關(guān)禁閉的過程和法律依據(jù)。
依2011年6月4日審查會會議紀錄，當時要求防務部門說明軍中“關(guān)禁閉”狀況，包括：受到此處分的人數(shù)、拘禁時間、死亡及健康受侵害的數(shù)據(jù)，以及當事人有沒有權(quán)利聲請?zhí)釋彛ň葷艿溃┘跋嚓P(guān)程序如何運作？但防務部門始終沒有回應。
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