臺(tái)灣“八八水災(zāi)”災(zāi)情慘重，引發(fā)民怨，嚴(yán)重沖擊了馬英九及其團(tuán)隊(duì)的政治聲望。而以劉兆玄為首的行政團(tuán)隊(duì)更被批評(píng)救災(zāi)不力，引發(fā)改組聲浪。2009年9月7日，臺(tái)行政機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人劉兆玄宣布請(qǐng)辭獲準(zhǔn)，表示“八八水災(zāi)”死亡、失蹤人數(shù)超過(guò)700多人，他要概括承擔(dān)起其中的政治責(zé)任。9月10日，劉兆玄率領(lǐng)行政團(tuán)隊(duì)總辭。同一天，以吳敦義為負(fù)責(zé)人、朱立倫為副職負(fù)責(zé)人的臺(tái)灣新一屆行政團(tuán)隊(duì)宣誓就職。這是馬英九上任以來(lái)，臺(tái)當(dāng)局最大的一次人事變動(dòng)。